後継者不在やM&Aによる事業の引継ぎは、いまや中小企業にとって身近な経営課題です。その際にかかる専門家への費用の一部を国が補助するのが「事業承継・M&A補助金」です。この記事では、M&Aの場面で使われることの多い専門家活用枠を中心に、制度のしくみと使いどころを整理します。
どんな補助金か
事業承継・M&A補助金は、中小企業の生産性向上を後押しする国の事業の一つで、事業再編・事業統合に伴う経営資源の引継ぎに必要な専門家費用の一部を補助するものです。M&Aは規模の大小にかかわらず、仲介・ファイナンシャルアドバイザー（FA）への手数料、デューデリジェンス（買収監査）、契約書の作成など、外部の専門家にかかる費用が大きくなりがちです。そこに補助が入ることで、引継ぎへの一歩を踏み出しやすくなります。
2つの類型：買い手と売り手
専門家活用枠は、立場によって2つの類型に分かれます。
- 買い手支援類型：株式や事業を譲り受ける側を支援します。デューデリジェンスの実施が前提となります。
- 売り手支援類型：事業を譲り渡す側を支援します。地域の雇用や事業が第三者に引き継がれることが見込まれることが軸になります。
同一のM&A案件であれば、買い手・売り手それぞれが申請することも可能です。
補助率と補助上限額の目安
補助率・上限額は公募回ごとに見直されますが、直近の専門家活用枠ではおおむね次のような水準です。
| 類型 | 補助率 | 補助上限額（目安） |
|---|---|---|
| 買い手支援類型 | 2/3以内 | 600万円以内 |
| 売り手支援類型 | 1/2 または 2/3以内 | 600万円以内 |
売り手支援類型の補助率は原則1/2以内で、物価高等により営業利益率が低下している場合、または直近の決算が営業赤字か経常赤字の場合に2/3以内となります。15次公募では、このほかに小規模売り手支援類型（2/3以内・450万円以内）と100億企業特例（2,000万円以内）も設けられています。
さらに、デューデリジェンス費用を計上する場合は補助上限に200万円以内が上乗せされ、廃業を伴う場合は廃業費として300万円以内が加算されます。ただし廃業費の上乗せは、関連する経営資源の引継ぎが補助事業期間内に実現しなかった場合は対象外です。一方で、M&Aが成約に至らなかった場合は対象経費が限定されるなど、結果に応じた取扱いが定められています。
補助の対象になる費用・ならない費用
対象となるのは、引継ぎの実現に必要な専門家関連の費用です。代表的なものは次のとおりです。
- 仲介・FAへの手数料（着手金・成功報酬など）
- デューデリジェンス費用（財務・法務など）
- 企業価値・株式価値の算定費用、契約書の作成・レビュー費用 ほか
ただし注意点があります。仲介・FA費用は「M&A支援機関登録制度」に登録された業者の支援分のみが対象です。また、グループ内再編や親族間の承継、実体のない不動産だけの売買などは、原則として対象外と判断されます。「M&Aの費用なら何でも補助される」わけではない点は、計画段階での確認が欠かせません。
申請の流れ
申請は電子申請システム「Jグランツ」で行い、その利用にはGビズIDプライムというアカウントが必要です。発行に1〜3週間ほどかかることがあるため、検討を始めた段階で早めに準備しておくと安心です。大まかな流れは次のとおりです。
- 公募要領の確認と、専門家活用の検討
- GビズIDプライムの取得
- 必要書類（決算書・登記事項証明書など）の準備
- Jグランツで申請情報を入力し、書類を添付して提出
よくある質問
Q. 事業承継・M&A補助金とはどんな制度ですか？
事業の引継ぎやM&Aに取り組む中小企業を支援する制度です。専門家活用枠では、M&Aの仲介手数料やデューデリジェンス費用など、外部専門家に支払う費用の一部が補助されます。買い手と売り手のどちらの立場でも申請が可能です。
Q. 買い手と売り手で何が違いますか？
買い手支援類型の補助率は2/3以内です。売り手支援類型は原則1/2以内で、物価高等により営業利益率が低下している場合、または直近の決算が営業赤字か経常赤字の場合に2/3以内となります。補助上限額はどちらも600万円以内です。
Q. 補助上限額が上乗せされることはありますか？
デューデリジェンス費用を計上する場合は200万円以内が上乗せされ、廃業を伴う場合は廃業費として300万円以内が加算されます。ただし廃業費の上乗せは、関連する経営資源の引継ぎが補助事業期間内に実現しなかった場合は対象外です。
Q. ほかにどんな類型がありますか？
15次公募の専門家活用枠には、買い手支援類型と売り手支援類型のほかに、小規模売り手支援類型（2/3以内・450万円以内）と100億企業特例（2,000万円以内）が設けられました。どの類型に当てはまるかで、補助率も上限額も変わる点にご注意ください。
Q. 申請書類の作成は依頼できますか？
補助金の申請書類および事業計画書の作成と官公署への提出代理は、行政書士法に基づき、提携する秋葉原行政書士事務所の行政書士が行います。当社は制度の選定支援や市場と競合の分析など、非独占業務をご提供します。
本記事は事業承継・M&A補助金の15次公募要領（2026年5月22日開示）に基づく一般的な解説です（最終確認日：2026年8月2日）。補助率や補助上限額、対象要件とスケジュールは公募回ごとに変わります。実際の申請にあたっては、必ず最新の公募要領をご確認ください。
補助金の申請書類および事業計画書の作成と、官公署への提出代理は、行政書士法に基づき、提携する秋葉原行政書士事務所（東京都行政書士会所属）の行政書士が行います。当社（株式会社Red Finback）がご提供するのは、制度の選定支援、市場・競合の分析、収益シミュレーションの素材資料、採択後の経営伴走といった非独占業務です。申請書類および事業計画書の作成、お客様が作成された内容の添削取りまとめ、jGrantsへの申請内容の入力は、当社では行いません。
まとめ
事業承継・M&A補助金は、引継ぎにかかる専門家費用の負担を抑えながら、円滑な事業承継・M&Aを後押しする制度です。ポイントは、自社のケースが対象になるか、そしてどの費用をどう計上するかを早い段階で見極めること。制度の選定から計画づくりまで、専門家と一緒に進めることで採択後の実行もスムーズになります。ご検討中の方は、お気軽にご相談ください。
更新履歴：2026.06.11 初版公開／2026.08.02 15次公募要領で数値を再照合し、上乗せ額と類型を追記。よくある質問と構造化データを追加
